Očuvano prirodno područje, sa izuzetnim florističkim diverzitetom i bogatstvom iskonskih pejzaža razasutih na bogatoj mreži geomorfologije i hidrologije, osnovna su obilježja područja Cicelja, koja ga svakako svrstavaju u područje veoma privlačno za naučna istraživanja, sport, rekreaciju, turizam, i dr., kako na lokalnom, tako i na regionalnom nivou.

Posebne geološke vrijednosti u Parku prirode „Cicelj“ predstavljaju Orlovica (Orlovačke stijene) i sedrene formacije. Ovdje treba naglasiti i izuzetnu raznolikost geoloških podloga koje su uslovile i izuzetan floristički diverzitet. Uzvišenje Orlovica je izgrađeno od vulkanskih stijena koje nisu česta pojava kod nas, a samo tijelo Orlovice je drastično odudara od okruženja. Dijelovi sedrene terase na kojima je smješten i grad Čajniče dopiru u obuhvat Parka, između magistralnog puta i toka Janjine. Sedrišta predstavljaju ekološki posebna i vrijedna, a prostorno veoma ograničena staništa, te su svakako posebna vrijednost i ovoga područja. Od hidroloških vrijednosti izdvajaju se Vrelo Cicelj, Hladna voda i Trojan voda.

Кad je riječ o florističkim vrijednostima prvo treba izdvojiti broj identifikovanih taksona koji iznosi 513, što ukazuje na visok floristički diverzitet ovoga područja. Od toga su 43 taksona regionalno ili globalno rijetke vrste vaskularne flore koji zaslužuju posebnu pažnju u budućem zaštićenom području. Od ukupnog broja identifikovanih taksona, šest taksona (Dianthus giganteus subsp. croaticus (Borbás) Tutin, Iris reichenbachii Heuff., Кnautia sarajevensis (Beck) Szabó, Pedicularis heterodonta Pančić, Scrophularia bosniaca Beck i Silene sendtneri Boiss.) je endemično i jedan subendemičan (Daphne blagayana Freyer).
U obuhvatu parka identifikovano je 27 taksona koji se nalaze na Uredbi o crvenoj listi zaštićenih vrsta Republike Srpske. To su slјedeći taksoni: Asperula taurina L., Asphodelus albus Mill., Asplenium septentrionale (L.) Hoffm., Cardamine acris Griseb., Carex echinata Murray, Cephalanthera rubra (L.) Rich., Dactylorhiza maculata (L.) Soó, Dactylorhiza saccifera (Brongn.) Soó, Dactylorhiza sambucina (L.) Soó, Daphne blagayana Freyer, Dianthus giganteus subsp. croaticus (Borbás) Tutin, Gymnadenia conopsea (L.) R.Br., Ilex aquifolium L., Iris reichenbachii Heuff Heuff, Кnautia sarajevensis (Beck) Szabó, Neottia ovata (L.) Bluff & Fingerh., Orchis mascula (L.) L., Orchis ustulata L., Pedicularis heterodonta Pančić, Pyrola rotundifolia L., Scrophularia bosniaca Beck, Jovibarba heuffelii (Schott) Á. Löve, Silene sendtneri Boiss., Taxus baccata L., Telekia speciosa (Schreb.) Baumg., Thymus praecox subsp. polytrichus (A. Кern. ex Borbás) Jalasi Traunsteinera globosa (L.) Rchb.). Šest taksona (Carex echinata Murray, Dactylorhiza sambucina (L.) Soó, Galanthus nivalis L., Gentiana acaulis L., Geum rivale L. i Taxus baccata L.) sa Međunarodne crvene liste (IUCN Red List).
Pored toga, u istraživanom području se našlo trinaest taksona (Cephalanthera rubra (L.) Rich., Dactylorhiza maculata (L.) Soó, Dactylorhiza saccifera (Brongn.) Soó, Dactylorhiza sambucina (L.) Soó, Epipactis helleborine (L.) Crantz, Galanthus nivalis L., Gymnadenia conopsea (L.) R.Br., Neottia ovata (L.) Bluff & Fingerh., Neottia nidus-avis (L.) Rich., Orchis mascula (L.) L., Orchis morio L., Orchis ustulata L. i Traunsteinera globosa (L.) Rchb.) sa Dodatka II Кonvencije o međunarodnoj trgovini ugroženim vrstama divlje faune i flore. Dodatka II podrazumjeva vrste kojima ne prijeti istrebljenje, ali se njihova trgovina mora kontrolisati da bi se izbjeglo eksploatisanje koji bi ugrozilo njihov opstanak. Ovi taksoni se nalaze i na EU Uredbi o zaštiti divlje faune i flore i regulisanju njihove trgovine.